Jis tarnauja kaip apsauginis barjeras
Kai vartojame maisto produktus, kuriuose yra bakterijų, bakterijos nepraeina į kraują dėl apsauginio virškinimo sistemos vaidmens. Dėl susidarančių antikūnų tai sudaro tikrą barjerą, kuris leidžia atskirti geras maistines medžiagas nuo blogų. Taigi jis leidžia gerosioms maistinėms medžiagoms patekti į kraują, kad patektų į jų reikalingus organus, ir sulaiko blogąsias maistines medžiagas, kurios patekusios į kraują gali būti toksiškos organizmui.
Todėl virškinimo sistema yra savotiška milžiniškas sterilizatorius kuris pašalina kenksmingas bakterijas. Apsinuodijus maistu, jo kartais galima praleisti, tačiau tai išlieka gana retai, jei mikrobiota yra gerai subalansuota.